Dissecting “Fluctuation” and “Mechanical communication” in biological systems

Dissecting “Fluctuation” and “Mechanical communication” in biological systems

Group leader:
Mitsuhiro IWAKI, Senior Researcher
/ 岩城光宏 主任研究員

チーム構成:
ポスドク1名(2023年5月現在)

We have developed a high-speed, high-resolution single-molecule detection techniques for motor proteins that contract muscles and make the heart beat, and have revealed the mechanism by which motor molecules function while utilizing fluctuations. Artificial machines adopt a mechanism of using large amounts of energy to block fluctuations because they regard them as noise. However, biological nanomachines such as motor proteins have created a mechanism that coexists with fluctuations, making it possible to perform movement and information processing with extremely small amounts of energy. We have also revealed that mechanical force is used as a means of information communication for nanomachines to control fluctuations and function cooperatively with each other. Therefore, we are advancing research on the development of technologies for visualizing “fluctuations” and “mechanical force” that occur in biological nanomachine systems and inside cells, as well as studying information processing mechanisms that are driven by ultra-low energy consumption.

私たちは、筋収縮や心臓を拍動させるモータータンパク質の高速高解像1分子解析技術を開発し、モーター分子がゆらぎを利用しながら機能する仕組みを明らかにしてきました。人工機械はゆらぎをノイズとみなすため、大きなエネルギーを使って遮断する仕組みを採用していますが、モータータンパク質をはじめとする生物ナノマシンは、ゆらぎと共存する仕組みを作り上げているため、極めて少ないエネルギーで運動や情報処理を行うことが可能です。また、ゆらぎを制御しナノマシン同士が協調して機能するための情報通信の手段として機械的な力を利用していることも明らかにしています。そこで、生物ナノマシンシステム内部や細胞内で生じる「ゆらぎ」と「機械的な力」を可視化するための技術開発や超低消費エネルギーで駆動される情報処理メカニズムの研究を進めています。

Visualizing mechanical communication in biological system

Fig1

Figure 1. Illustration of our original DNA force sensor "Nanospring" (Iwaki et al., Nat.Commun.,2016; Matsubara et al., ACS Nano,2023).

図1.独自に開発したDNAフォースセンサ「ナノスプリング」の模式図

Biological systems perform parallel information processing while converting electrical signals, molecular signals, and mechanical signals into each other. Among them, mechanical signals involve temporal and spatial fluctuations in the magnitude and direction of mechanical force, but there is still a lack of tools for visualizing them because they have no physical entity as a molecule. We have developed various force sensors using DNA as a material and visualized mechanical forces that work between biomolecules and cells by converting them into fluorescent signals. Biological nanomachine systems and cells use ultra-sensitive sensors (mechanosensors) that detect mechanical signals of the same magnitude as mechanical noise due to thermal fluctuations to process information and respond, but their mechanisms are still largely unknown. We are aiming to understand the mechanism and engineering application by combining our original tools with existing biophysical tools.

生物は電気シグナル、分子シグナルおよび力学シグナルを相互に変換しながら超並列的に情報処理を行っています。その中でも力学シグナルは機械的な力の大きさや向きの時間的・空間的変動を伴いますが、分子としての実体がないために可視化するツールがまだまだ足りないのが現状です。私たちはDNAを材料にして様々なフォースセンサを開発し、生体分子間や細胞に働く機械的な力を蛍光シグナルに変換することで可視化しています。生物ナノマシンシステムや細胞は、熱ゆらぎに起因する機械的ノイズと同程度の力学シグナルを検出する超高感度センサ(メカノセンサ)を用いて情報処理し応答しますが、その仕組みは不明な点も多いです。そこで、独自に開発したツールと既存の生物物理ツールを組み合わせながら力学情報処理を可視化し、メカニズムの理解と工学応用を目指しています。

Designing and analyzing of Brownian machine assembly

Fig2

Figure 2. Illustration of our artificial nano-muscle (Fujita et al., Commun.Biol.,2019).

図2.人工設計した生物ナノマシンシステムの模式図

We will design a system consisting of biological nanomachines that function using fluctuations and develop a technique for super-resolution imaging of individual operations within the system. Although the operation analysis of the entire system has been performed so far, there has been no example of visualizing how individual nanomachines fluctuate and communicate with each other while cooperating inside. By simultaneously measuring the movements of multiple nanomachines at a temporal and spatial resolution that can observe fluctuations existing inside the system, and combining them with simulation and information physics, we will create a new concept of a noise-robust system that is driven by ultra-low energy consumption.

ゆらぎを利用して機能する生物ナノマシンからなるシステムを設計し、システム内部の個々の動作を超解像観察する技術を開発します。システム全体の動作分析がこれまでに行われてきたことですが、内部で個々のナノマシンがどのようにゆらいでコミュニケーションをとりながら協調動作しているのか可視化された例はありません。システム内部に存在するゆらぎも観測できる時間的・空間的解像度にて複数のナノマシンの動作を同時に計測し、シミュレーションや情報物理解析と組み合わせながら情報処理メカニズムを理解することで、超低消費エネルギーでノイズロバストに駆動されるシステムの新たなコンセプトを創出します。